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神山健治和荒牧伸志拓展标性科幻系列《攻壳机动队》的视野，带大家想像不久之后 2045 年的未来世界。

2045年，“全世界同时违约”爆发，对所有国家造成了严重的经济灾害。同时又因为人工智能的爆发性进化，世界陷入了受控的“可持续战争”之中。在这个近未来时代，人类还未衰退至能在日常生活中感受到人工智能带来的人类灭亡危机——|在经历了内战与纷争，废墟累累的北美洲大陆西海岸，全身义体的义体人草薙素子，和巴特等原公安九课成员一起当着佣兵。他们隶属于针对电子脑犯罪和恐怖袭击的攻击性组织，有着卓越的电子脑与战斗技术，在这个时代可以说是如鱼得水。但是一种被称为“后人类”，有着强大智能与身体能力的生命突然出现在了他们面前。

拥有超能力的黑崎一护从小就异于正常人。因一次偶然事件，他认识了来自异界、为保护人类不被强大的“虚”侵害的职业队，并加入他们成为伙伴，共同维护人类和平。可眼见世界即将和平，一股强大的敌人却悄然来袭，他们自称为灭却师，占领了“虚”圈，并向异界宣战，收到异界伙伴们接连阵亡的消息和来自“虚”圈的求救信号，黑崎一护为了保护世界，又重新踏上了征程。而与此同时，异界也正式宣布进入了警戒状态。